１、クエリに原因があるのか切り分け：
多くの場合は、クエリに原因があるところまで断定されていないので、本当にクエリに問題があるのか確認する。プログラム部分の問題かもしれないし。
２、現状の結果と変わらないクエリでインデックスを利用できるかを検討：
検索条件や結合条件などでインデックス列を追加して、既存のインデックスを使用できないかを検討する。
３、非効率なクエリとなっていないか確認：
明らかに効率の悪いクエリとなっていないかを確認する。効率の悪い部分を組みなおしが可能かを確認する。
４、インデックスの追加を検討：
検索条件や結合条件部分にインデックスを追加して、牽引できるかを検討する。
上記、なるべく数字が小さい順に対応する。小さいほど影響範囲は少ない想定。